초기 팀 세 명으로 시작한 어느 회사의 이야기입니다(이해를 돕기 위한 각색 예시입니다). 대표가 기획을 맡고, 개발자 한 명과 디자이너 한 명이 합류했습니다. 급여를 줄 여유가 없어 셋 다 "일단 3.3%로 정산하자"고 정했습니다. 사무실은 공유오피스, 출근은 자유, 회의는 필요할 때만. 실제로도 그렇게 일했습니다.
반년 뒤 상황이 달라졌습니다. 서비스가 자리를 잡으면서 개발자는 매일 아침 정해진 시간에 나와 대표가 정한 우선순위대로 일하게 되었고, 보수도 월 고정액이 되었습니다. 그런데 지급 방식은 그대로 3.3%였습니다. 계약서도 처음 쓴 그대로였습니다. 문제가 드러난 것은 그로부터 한참 뒤였습니다.
도봉구 스타트업 세무기장을 상담하다 보면 이 순서를 거의 그대로 겪은 팀을 자주 만납니다. 시작할 때의 판단이 틀렸던 것이 아니라, 일하는 방식이 바뀌었는데 지급 형태만 그대로 남은 것이 문제였습니다. 이 글은 그 지점을 어떻게 판단하고, 매달 무엇을 신고해야 하는지를 정리했습니다.
스타트업 매출은 어디서 어떻게 잡히나요
도봉구 스타트업 세무기장의 출발점은 통장에 들어온 돈을 성격별로 나누는 일입니다. 스타트업은 이 구분이 특히 어렵습니다. 한 통장에 구독 매출, 용역 대금, 앱마켓 정산금, 정부지원금, 그리고 투자금까지 함께 들어오기 때문입니다. 이 가운데 매출은 앞의 셋뿐이고, 나머지는 성격이 전혀 다릅니다.
투자금은 매출이 아닙니다. 자본 거래로 별도로 처리해야 하며, 이를 매출로 잡으면 손익과 세금이 모두 틀어집니다. 정부지원금이나 연구개발 과제비도 대개 매출과 다르게 다루고, 정산과 증빙 의무가 따로 붙습니다. 과제 종료 후 정산 자료를 요구받았을 때 장부와 맞지 않으면 곤란해집니다.
흔한 실수 ① — 앱마켓 정산금을 매출로 적는 경우
앱 스토어는 결제 금액에서 수수료를 뺀 금액을 보내 줍니다. 그런데 매출은 이용자가 결제한 총액이고, 수수료는 경비입니다. 정산금만 적으면 매출과 경비가 동시에 사라져 이익률이 실제와 달라 보입니다. 정산 리포트를 매월 내려받아 보관하시는 것이 출발점입니다.
흔한 실수 ② — 연 단위 구독료를 결제 시점에 전부 매출로 잡는 경우
연 결제 상품은 대금을 한 번에 받지만 서비스는 열두 달에 걸쳐 제공됩니다. 결제 시점에 전액을 매출로 잡으면 그달만 이익이 크게 보이고 이후 달은 비용만 남습니다. 부가세와 소득세의 귀속 시기 판단은 계약 조건에 따라 달라질 수 있어 자료를 보고 정해야 합니다.
해외 고객에게 제공하는 서비스라면 영세율 적용 여부와 대리납부 문제가 따라옵니다. 국내 사업자와 해외 사업자, 개인 이용자에 따라 판단이 갈리므로, 결제 화면만 보고 단정하지 말고 계약과 정산 조건을 함께 확인하시는 편이 안전합니다.
개발자에게 지급하는 돈은 어떤 형태여야 하나요
도봉구 스타트업 세무기장에서 가장 자주 사고가 나는 지점입니다. 3.3%로 정산하는 사업소득과 급여로 지급하는 근로소득은 세금뿐 아니라 4대보험, 퇴직금, 근로기준법 적용까지 함께 갈립니다. 그리고 이 구분은 계약서 제목이 아니라 실제 일하는 방식으로 정해집니다.
| 판단 요소 | 프리랜서로 볼 여지가 큰 경우 | 근로자로 볼 여지가 큰 경우 |
|---|
| 근무 시간 | 본인이 정하고 조율 | 출근 시간과 근무 시간이 지정됨 |
| 업무 지시 | 결과물 단위로 협의 | 일상적인 지시와 보고 체계가 있음 |
| 근무 장소·장비 | 재택 또는 본인 장비 사용 | 회사 좌석과 회사 장비가 지정됨 |
| 보수 산정 | 프로젝트·건별 정산 | 월 고정급, 근무일수 연동 |
| 겸업 가능성 | 다른 일을 병행 | 사실상 전속으로 근무 |
| 대체 가능성 | 본인이 다른 사람에게 맡길 수 있음 | 반드시 본인이 수행 |
표의 오른쪽에 해당하는 항목이 늘어날수록 근로자로 볼 여지가 커집니다. 처음부터 근로자로 시작할 필요는 없습니다. 다만 일하는 방식이 바뀌면 지급 형태도 함께 바꾸셔야 합니다. 앞의 사례에서 문제가 된 것도 바로 이 시점을 놓친 것이었습니다.
흔한 실수 ③ — 스톡옵션이나 지분으로 대체한 보상을 정리하지 않는 경우
초기에는 현금 대신 지분이나 스톡옵션으로 보상을 약속하는 경우가 흔합니다. 이때도 부여와 행사 시점에 따라 세무상 처리가 필요합니다. 구두 약속만 남아 있으면 나중에 회사와 구성원 모두 곤란해지므로, 계약과 이사회 절차를 문서로 남겨 두시는 편이 좋습니다. 구체적인 과세 시기와 요건은 제도 유형에 따라 달라 사전에 확인이 필요합니다.
실무 팁 — 형태를 바꾸실 때는 시점을 기록해 두십시오
3.3%에서 급여로 전환하실 때 전환일과 사유를 문서로 남겨 두시면, 나중에 그 이전 기간에 대한 설명이 훨씬 수월해집니다. 근로계약서 작성일, 4대보험 취득일, 급여 지급 시작일을 같은 날짜로 맞춰 두시는 것이 깔끔합니다.
원천세와 지급명세서는 언제 무엇을 내나요
도봉구 스타트업 세무기장에서 매달 반복되는 일이 여기입니다. 지급 형태를 정했다면 그다음은 신고입니다. 여기서 자주 나오는 오해가 "금액이 작으면 안 내도 된다"는 생각입니다. 신고 자체를 빠뜨리면 그 금액이 경비로 남지 않고, 지급명세서 미제출에 따른 가산세도 별도로 붙을 수 있습니다.
| 시기 | 대상 | 내용과 주의점 |
|---|
| 매월 10일 | 근로소득·사업소득·기타소득 | 전월 지급분에 대한 원천세를 신고·납부합니다. |
| 매월 말일 | 사업소득(3.3%) | 간이지급명세서를 제출합니다. 외주 개발·디자인 지급이 여기에 해당합니다. |
| 매월 | 근로소득 | 2026년 1월분부터 근로소득 간이지급명세서도 매월 제출로 바뀌었습니다. |
| 매월 | 일용근로소득 | 일용근로소득 지급명세서를 제출합니다. 3개월 미만 근무와 일당 비과세 한도를 함께 확인합니다. |
| 반기납부 승인 시 | 원천세 | 7월 10일과 1월 10일로 조정됩니다. 승인 요건은 시점 기준으로 확인해야 합니다. |
| 수시 | 해외 지급 | 해외 프리랜서 지급은 조세조약과 원천징수 판단이 따로 필요합니다. |
미신고 인건비는 경비가 되기 어렵습니다
스타트업은 비용의 절반 이상이 인건비인 경우가 많습니다. 신고하지 않고 지급하면 그 금액을 경비로 인정받기 어렵습니다. 결국 인건비 신고가 곧 경비라고 이해하시는 편이 정확합니다. 이는 이미 지출한 돈을 빠짐없이 반영하자는 뜻이지 없는 지출을 만들자는 이야기가 아닙니다.
실무 팁 — 지급 대장 하나면 대부분 해결됩니다
이름, 지급일, 금액, 지급 형태, 계약서 유무를 한 표에 적어 두시면 매월 신고가 훨씬 빨라집니다. 나중에 투자 실사나 정부 과제 정산에서 자료를 요구받을 때도 그대로 쓰입니다.
4대보험은 언제부터 어떻게 붙나요
도봉구 스타트업 세무사를 찾으시는 초기 팀이 가장 부담스러워하시는 부분이 4대보험입니다. 기준은 인원 수가 아니라 근로자가 있느냐입니다. 근로자가 한 명이라도 있으면 사업장 가입이 원칙이고, 주 15시간 미만 등 예외로 다루어지는 경우가 있지만 요건은 시점 기준으로 확인해야 합니다.
가장 위험한 상황은 실질이 근로자인 인력을 3.3%로만 처리해 온 경우입니다. 나중에 근로자로 판단되면 보험료가 소급해서 문제가 됩니다. 회사 부담분과 본인 부담분이 함께 얽히고, 시간이 지날수록 금액도 커지고 정리도 어려워집니다.
- 근로자 1인 이상 — 4대보험 사업장 가입이 원칙입니다.
- 단기·시간제 인력 — 근무 시간과 형태에 따라 적용이 달라지므로 개별 확인이 필요합니다.
- 법인 대표 — 보수 유무 등에 따라 가입 범위가 달라집니다.
- 지원 제도 — 소규모 사업장을 위한 보험료 지원 제도가 있으나, 요건과 지원 범위, 적용 시점을 먼저 확인해야 합니다.
- 인턴·연구원 — 계약 형태와 실제 근무 방식에 따라 판단이 달라집니다.
부담이 걱정되신다면 순서를 바꿔 보십시오
보험료가 부담스러워 신고를 미루시는 경우가 많은데, 결과적으로는 경비도 잃고 위험도 남습니다. 먼저 정확한 형태를 정하고, 그다음 지원 제도의 적용 가능 여부를 확인하는 순서가 안전합니다. 요건과 시점은 개별 확인이 필요합니다.
스타트업 경비에서 자주 빠지는 항목은 무엇인가요
도봉구 스타트업 세무기장에서 인건비 다음으로 큰 항목은 클라우드 비용과 구독 서비스입니다. 문제는 이 지출들이 대부분 해외 결제이고 카드 명세에 영문으로만 남는다는 점입니다. 무엇에 쓴 돈인지 나중에 알아보기 어려워 통째로 빠지는 경우가 생깁니다.
| 경비 항목 | 주로 발생하는 형태 | 증빙과 실무 포인트 |
|---|
| 개발자·기획자 인건비 | 급여 또는 3.3% 지급 | 원천세 신고와 지급명세서가 있어야 경비로 남습니다. |
| 외주 개발·디자인 | 프로젝트 단위 계약 | 계약서와 산출물, 지급 내역을 함께 보관합니다. |
| 클라우드 사용료 | 사용량 기반 월 과금 | 해외 결제분은 매입세액공제 가능 여부를 따로 확인합니다. |
| 업무용 구독 서비스 | 월·연 구독 결제 | 소액 반복이라 사업용 카드로 모으는 것이 가장 빠릅니다. |
| 사무실·공유오피스 임차료 | 월 고정 지출 | 세금계산서 수취가 원칙입니다. |
| 특허·상표 출원비 | 대리인 수수료 포함 | 성격에 따라 자산으로 잡을지 구분해 처리합니다. |
| 서버·업무용 장비 | 일시 구입 | 거래 단위 100만 원 이하면 그해 비용, 초과하면 감가상각입니다. |
| 광고·마케팅비 | 플랫폼 광고 집행 | 해외 플랫폼 집행분은 판단이 따로 필요합니다. |
흔한 실수 ④ — 대표 개인 카드로 클라우드와 구독을 결제하는 경우
초기에는 대표님 개인 카드로 결제하시는 일이 잦습니다. 사업 관련 지출이라도 정리해 두지 않으면 경비에서 빠지고, 법인이라면 대표 가지급금 문제로 이어질 수 있습니다. 사업용 카드를 만들어 홈택스에 등록하시는 것이 가장 간단한 해결책입니다.
실무 팁 — 세무사를 바꾸시는 중이라면
변경은 홈택스 수임동의를 새로 하는 것으로 진행됩니다. 직전 장부와 결산서, 고정자산대장을 함께 넘겨받아야 감가상각과 이월 결손이 끊기지 않습니다. 도봉구 스타트업 세무사를 알아보고 계신다면 이 세 가지 자료를 받을 수 있는지부터 확인해 보시길 권합니다.
초기 팀에서 자주 나오는 질문 다섯 가지
Q. 개발자 한 명뿐인데도 4대보험을 들어야 하나요
A. 근로자가 한 명이라도 있으면 사업장 가입이 원칙입니다. 다만 그분이 근로자인지 프리랜서인지부터 판단해야 합니다. 출근 시간이 정해져 있고 회사의 지시를 받으며 월 고정급을 받는다면 근로자로 볼 여지가 큽니다. 주 15시간 미만 등 예외 요건은 시점 기준으로 확인이 필요합니다.
Q. 처음에 3.3%로 시작했는데 지금 급여로 바꾸면 과거가 문제 되나요
A. 형태를 바로잡는 것 자체는 옳은 방향입니다. 다만 과거 기간을 어떻게 볼 것인지는 실제 근무 형태에 따라 달라집니다. 전환 시점과 사유, 근무 방식이 바뀐 경위를 문서로 정리해 두시면 설명이 수월해집니다. 개별 사안에 따라 결과가 다를 수 있어 자료를 보고 판단해야 합니다.
Q. 투자금이 들어왔는데 세금을 내야 하나요
A. 투자금은 매출이 아니라 자본 거래로 처리하는 것이 원칙입니다. 다만 계약 형태에 따라 처리가 달라지는 경우가 있고, 전환사채나 조건부 지분 인수 계약처럼 구조가 복잡한 경우에는 회계 처리부터 정리해야 합니다. 계약서를 보고 판단해야 하는 영역입니다.
Q. 해외 클라우드 요금도 매입세액공제를 받을 수 있나요
A. 해외 사업자로부터 제공받은 서비스는 국내 세금계산서가 발행되지 않는 경우가 많아 일반적인 매입세액공제와는 다르게 봅니다. 거래 상대와 서비스 성격에 따라 대리납부 대상이 되는 경우도 있습니다. 결제 내역만으로 단정하기 어려우니 계약과 청구서를 함께 확인하셔야 합니다.
Q. 정부 과제비도 매출로 잡히나요
A. 지원금과 과제비는 매출과 다르게 다루는 경우가 많고, 사업 유형과 협약 조건에 따라 처리가 달라집니다. 정산 의무와 증빙 요건이 따로 붙는다는 점이 더 중요합니다. 협약서와 정산 지침을 담당 세무사와 함께 보시는 편이 안전합니다.
우리 팀의 인건비 관리, 지금 어디쯤인가요
도봉구 스타트업 세무사를 고르실 때도 같은 항목을 물어보시면 도움이 됩니다. 아래 문항에서 "아니요"가 세 개 이상이면 지금 정리하시는 편이 낫습니다. 시간이 지날수록 되돌리기가 어려워지는 영역입니다.
- 구성원별로 근로자인지 프리랜서인지 판단 근거가 정리되어 있다
- 근로계약서 또는 용역계약서를 실제 근무 방식에 맞게 쓰고 있다
- 매월 10일 원천세를 신고하고 있다
- 사업소득 간이지급명세서를 매월 말일에 제출하고 있다
- 4대보험 가입 대상 여부를 확인하고 취득 신고를 마쳤다
- 사업용 카드로 클라우드·구독 결제를 모으고 있다
- 매월 예상세금과 손익을 확인할 수 있는 자료를 받고 있다
도봉구 스타트업 세무기장을 맡으면 저희는 이 일곱 가지부터 맞춥니다. 인건비는 스타트업에서 가장 큰 비용이자 가장 큰 위험이라, 여기가 정리되어야 나머지 숫자도 믿을 수 있기 때문입니다. 서울 도봉구에서도 카카오톡으로 자료를 보내 주시고 홈택스 수임동의만 해 주시면 바로 시작됩니다.
※ 자체 실적 기준
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카카오톡으로 자료를 보내고 홈택스 수임동의만 해 주시면 지역과 무관하게 바로 시작됩니다.
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규모가 커졌을 때의 구조 설계도 같은 팀에서 이어서 봅니다.
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조사 대응 경험을 바탕으로 평소 장부에서 위험 신호를 먼저 찾습니다.
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