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인건비·4대보험

분당 스타트업 세무기장 — 개발자를 전부 3.3%로 두면 투자 실사에서 돌아옵니다 (분당 스타트업 세무사)

위너세무회계 · 2026년 10월 21일 · 조회 0
분당 스타트업 세무기장 — 개발자 인건비를 전부 3.3%로 두면 생기는 일개발자 3.3%와 4대보험 실질 판정 여섯 기준 비교표분당 스타트업 세무기장의 매월 10일 원천세와 말일 지급명세서 달력스타트업에 들어오는 돈의 성격 구분 — 매출 투자금 과제 사업비스타트업 연말 결산과 연말정산 지급명세서 마무리 일정분당 스타트업 세무사가 정리한 투자 실사 전 점검 항목

개발자 아홉 명이 전부 3.3%였던 팀이 있었습니다(각색 예시입니다). 시드 투자를 받고 실사를 준비하다가 인건비 구조를 처음 들여다봤는데, 아홉 명 중 일곱 명이 출근 시간이 정해져 있고 회사 노트북으로 회사 일만 하고 있었습니다. 분당 스타트업 세무기장에서 가장 많이 보는 장면이 이것입니다.

이 팀이 3.3%를 택한 이유는 나쁜 뜻이 아니었습니다. 창업 초기에 4대보험 부담이 버거웠고, 개발자분들도 당장 손에 쥐는 금액이 커서 좋다고 하셨습니다. 문제는 그 선택이 몇 년 뒤에 한꺼번에 돌아온다는 점입니다. 실질이 근로자로 판정되면 4대보험이 소급 추징될 수 있고, 투자 실사에서 우발채무로 잡히면 밸류에이션에도 영향을 줍니다. 분당 스타트업 세무기장를 상담하면서 "지금이라도 바꾸는 게 손해 아닌가요"라는 질문을 자주 받는데, 미루는 비용이 훨씬 큽니다.

이 글은 달력 순서로 썼습니다. 매월 해야 할 일, 분기마다 볼 것, 반기와 연말에 정리할 것, 그리고 투자 라운드를 앞두고 미리 손봐야 할 것입니다. 저희는 전국 100% 온라인 기장이라 성남 분당에서도 카톡으로 자료 주시고 홈택스 수임동의만 해 주시면 그날 시작됩니다.

개발자는 3.3%로 해도 되나요, 아니면 4대보험인가요

분당 스타트업 세무기장에서 가장 먼저 정리해야 할 것이 인력 구분입니다. 3.3% 사업소득 처리는 실질이 프리랜서일 때만 맞습니다. 계약서 제목이 무엇이든 실제 근무 모습으로 판단합니다.

판단 기준은 복합적입니다. 출퇴근 시간이 정해져 있는지, 업무 지시를 받는지, 다른 회사 일을 병행할 수 있는지, 회사 장비를 쓰는지, 보수가 일한 시간에 비례하는지, 전속으로 묶여 있는지를 함께 봅니다. 스타트업은 이 경계가 특히 흐릿합니다. 창업 멤버는 지분도 있고 자율성도 크지만 사실상 풀타임이고, 사이드로 들어온 디자이너는 재택이지만 매일 스탠드업에 들어옵니다. 애매한 사람을 전부 3.3%로 밀어 두는 것이 가장 위험한 선택입니다. 근로자 1인 이상이면 4대보험 사업장 가입 의무가 있고, 주 15시간 미만 등 예외는 보험별로 다르니 시점 기준으로 확인하셔야 합니다.

판단 항목프리랜서에 가까움근로자에 가까움
근무 시간본인이 정하고 시간 제약 없음코어타임·출퇴근 시간이 정해짐
업무 지시산출물만 합의, 과정은 자율일일 단위로 업무를 배정받음
겸업다른 회사 일 병행 가능전속, 겸업 제한
장비본인 장비 사용회사 노트북·계정 지급
보수 산정프로젝트·산출물 단위월 고정급, 근무일수 연동
조직 편입조직도 밖팀에 배치되고 평가 대상

※ 실제 판정은 개별 사정을 종합해 이뤄지므로 어느 한 항목만으로 결론 내리지 않습니다.

경고 — 소급 추징은 회사와 개인 양쪽에 옵니다
실질이 근로자로 판정되면 사업주 부담분뿐 아니라 근로자 부담분까지 회사가 떠안게 되는 상황이 생깁니다. 이미 퇴사한 분들 몫까지 거슬러 올라갈 수 있어 금액이 커집니다. 투자 실사에서 가장 먼저 지적받는 항목이기도 합니다.
실무 팁 — 사람을 세 칸으로 나눠 두십시오
정직원, 진짜 프리랜서, 외주 업체. 이 세 칸에 전원을 넣어 보시고 어느 칸에도 깔끔하게 안 들어가는 분이 있다면 그분이 바로 위험 지점입니다. 보통 전체의 두세 명입니다. 그분들부터 정리하시면 됩니다.

매달 10일과 말일에는 무엇을 하나요

분당 스타트업 세무기장의 기본 리듬은 매월 10일과 말일입니다. 이 두 날만 지켜도 원천세 관련 사고의 대부분이 사라집니다.

원천세 신고와 납부는 매월 10일이고, 반기납부 승인을 받으셨다면 7월 10일과 1월 10일입니다. 상시 인원이 적은 초기 스타트업은 반기납부를 신청해 두는 경우가 많은데, 인원이 늘면 요건에서 벗어날 수 있으니 매년 다시 확인하셔야 합니다. 지급명세서는 주기가 짧아졌습니다. 사업소득 간이지급명세서는 매월 말일 제출이고, 근로소득 간이지급명세서도 2026년 1월분부터 매월 제출로 바뀌었습니다. 일용직을 쓰셨다면 일용근로소득 지급명세서도 매월입니다.

주기해야 할 일대상
매월 10일원천세 신고·납부근로소득 · 사업소득(3.3%) · 기타소득
매월 10일 (반기 승인 시)7월 10일 · 1월 10일로 대체요건 충족 사업장
매월 말일사업소득 간이지급명세서3.3% 프리랜서 개발자 · 디자이너
매월 말일근로소득 간이지급명세서2026년 1월분부터 매월
매월 말일일용근로소득 지급명세서단기 인력
매월 마감클라우드·구독 결제 내역 확인해외 결제분 구분

※ 기한이 토요일·공휴일이면 다음 영업일입니다. 반기납부 요건은 시점 기준으로 확인하십시오.

정보 — 미신고 인건비는 경비가 되기 어렵습니다
"일단 주고 나중에 신고하자"가 가장 손해입니다. 신고하지 않은 인건비는 경비로 인정받기 어렵기 때문에, 돈은 나갔는데 비용은 안 잡히는 상황이 됩니다. 인건비 신고가 곧 경비라고 생각하시면 판단이 쉬워집니다.
실무 팁 — 급여일을 10일 전으로 당겨 두십시오
급여일이 말일이면 원천세 신고 마감과 겹쳐 매달 쫓깁니다. 급여일을 25일 전후로 잡아 두시면 다음 달 10일까지 여유가 생깁니다. 인원이 늘어날수록 이 며칠이 크게 느껴집니다.

스타트업 매출과 지원금은 어떻게 구분해 잡나요

분당 스타트업 세무기장에서 초기 팀이 가장 많이 헷갈리는 부분이 "들어온 돈이 전부 매출인가"입니다. 통장에 찍힌 돈 중 매출이 아닌 것이 꽤 많습니다.

투자금은 매출이 아니라 자본입니다. 정부지원과제 사업비도 매출과 성격이 다르고, 과제 종류와 협약 내용에 따라 회계 처리가 달라지므로 협약서를 보고 판단해야 합니다. 반대로 구독 매출은 받은 달에 전부 매출이 아닐 수 있습니다. 연간 구독료를 선결제로 받으셨다면 기간에 나눠 인식하는 것이 일반적인데, 계약 조건에 따라 달라질 수 있어 단정하지 않습니다. 해외 고객에게 받은 대금이나 앱마켓 정산금은 영세율 적용 여부와 대리납부 판단이 필요한 구간이라 건건이 확인하는 편이 안전합니다.

스타트업에 들어오는 돈 여섯 가지성격장부에서 주의할 점
SaaS 구독료 (월 · 연간)매출연간 선결제는 기간 귀속 검토 필요
용역 개발 수주 대금매출기성 단계별 세금계산서 발행 시기
앱마켓 · 플랫폼 인앱결제 정산금매출수수료 차감 전 총액인지 확인
B2B 라이선스 · 광고 수익매출해외 고객이면 영세율 판단 필요
정부지원과제 사업비매출 아님 (협약 확인)집행 증빙을 별도 관리
투자금 (시드 · 프리A 등)자본매출로 잡지 않음, 주주명부 관리

※ 총액·순액 판정, 귀속 시기, 영세율·대리납부 여부는 계약과 거래 형태에 따라 달라질 수 있습니다.

경고 — 해외 클라우드 결제는 따로 봐야 합니다
해외 사업자에게 받는 전자적 용역이나 해외 결제분은 대리납부나 영세율 판단이 필요할 수 있습니다. 금액이 매달 자동으로 빠져나가기 때문에 그냥 비용으로만 처리하고 넘어가기 쉽습니다. 결제 내역을 국내분과 해외분으로 나눠 두시면 확인이 빨라집니다.
절세·기회 — 스타트업이 자주 빠뜨리는 경비 다섯 가지
개발 장비(노트북·모니터·테스트 기기), 도메인·SSL 인증서·서버 비용, 법무와 특허 자문료, 채용 공고 게재비, 해커톤·컨퍼런스 참가비입니다. 전부 실제로 쓰신 돈인데 개인카드로 결제하거나 영수증을 안 받아 빠지는 경우가 많습니다. 쓰지 않은 돈을 만들라는 뜻이 아니라, 이미 쓰신 돈을 챙기시라는 뜻입니다.

연말에는 무엇을 정리해야 하나요

분당 스타트업 세무기장에서 연말에 몰리는 일이 셋 있습니다. 연말정산, 결산, 그리고 지급명세서 마무리입니다.

법인이라면 규모와 관계없이 복식부기 의무가 있고 매년 결산을 거쳐 법인세를 신고합니다. 12월 결산법인이면 신고 기한은 3월 말입니다. 결산에서 스타트업이 특히 신경 쓸 항목은 개발 관련 지출의 성격 구분입니다. 어떤 지출이 그 해 비용이고 어떤 것이 여러 해에 걸친 자산인지는 개발 단계와 요건에 따라 달라지므로, 숫자가 커지기 전에 기준을 정해 두시는 편이 좋습니다. 거래 단위 100만 원 이하 자산은 그 해 비용으로 바로 넣을 수 있고 그보다 크면 감가상각으로 나눕니다. 개인사업자 형태라면 종합소득세가 5월 31일, 성실신고확인 대상이면 6월 30일이고 중간예납은 11월입니다.

연말·연초 일정스타트업이 확인할 것
12월인력 구분 재점검 · 미지급 급여와 상여 확정
1월근로소득 연말정산 자료 수집
1월 25일부가세 확정신고 (법인은 예정신고 4/25 · 10/25)
2월 말연말정산 환급·추가징수 반영
3월 말법인세 신고 (12월 결산법인)
상시지급명세서 제출 누락분 확인

※ 기한이 토요일·공휴일이면 다음 영업일이며, 세부 기한은 시점 기준으로 확인하십시오.

정보 — 대표 급여는 법인이면 비용입니다
개인사업자는 대표 본인 급여가 경비로 인정되지 않지만, 법인은 대표이사 급여가 비용으로 인정됩니다. 다만 매달 원천세를 신고하고 4대보험에 올려야 하며, 신고 없이 가져가면 가지급금으로 쌓여 인정이자와 상여 처분 문제가 따라옵니다.
실무 팁 — 결산 전에 고정자산대장을 먼저 맞추십시오
노트북과 서버 장비가 늘어나는 속도가 빠른 조직일수록 고정자산대장이 금방 어긋납니다. 결산 직전에 한 번에 맞추려면 오래 걸리니, 장비를 살 때마다 한 줄씩 적어 두시는 편이 훨씬 빠릅니다.

투자 라운드를 앞두고 미리 손볼 것은 무엇인가요

분당 스타트업 세무기장를 맡은 팀 중 투자 유치를 준비하시는 곳에는 실사 전에 반드시 보는 목록이 따로 있습니다. 실사에서 터지면 되돌릴 시간이 없기 때문입니다.

가장 많이 지적받는 것이 앞에서 본 인력 구분입니다. 그다음이 미신고 인건비, 대표 가지급금, 지급명세서 미제출, 그리고 계약서 없이 진행된 외주 거래입니다. 전부 평소에 매달 닫아 두면 생기지 않는 항목인데, 몰아서 정리하려면 몇 달이 걸립니다. 저희는 매월 예상세금 리포트로 사업분석, 매출매입, 예상부가세, 매출장·매입장, 부가세 신고분석을 보내 드리는데, 실사 준비는 사실 이 리포트가 쌓여 있는지 여부로 거의 결정됩니다.

실사에서 보는 항목평소에 해 둘 일
인력 구분 (3.3% 비중)애매한 인원을 매 분기 재분류
4대보험 가입 현황입사 시점에 바로 취득 신고
미신고 인건비 유무지급과 신고를 같은 달에 맞춤
대표 가지급금 잔액법인 통장과 개인 통장 분리 운영
지급명세서 제출 이력매월 말일 제출을 루틴화
외주 계약서와 세금계산서 일치계약 → 발행 → 수취를 한 폴더에
스톡옵션 · 주식보상 처리부여 시점에 처리 방식을 먼저 확인

※ 주식보상 관련 세무 처리는 설계 방식에 따라 크게 달라지므로 부여 전에 확인이 필요합니다.

절세·기회 — 경정청구는 5년입니다
지난해에 신고하면서 빠뜨린 경비가 있다면 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 초기 스타트업은 창업 첫해 지출을 정리 못 한 채 넘어가는 경우가 많아, 기장을 맡기실 때 직전 연도부터 한 번 훑어 보시길 권합니다.
실무 팁 — 기장 세무사를 바꾸실 때
홈택스 수임동의를 바꾸면 변경은 바로 됩니다. 직전 장부와 결산서, 고정자산대장을 넘겨받으셔야 감가상각과 자산 내역이 끊기지 않습니다. 투자 라운드 직전보다는 한 분기 앞서 옮기시는 편이 서로 편합니다.
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자주 묻는 질문

Q. 지금 3.3%인 개발자를 4대보험으로 바꾸면 그동안 것도 문제가 되나요
A. 지금부터 바꾼다고 과거가 자동으로 문제 되는 것은 아니지만, 과거분이 사라지는 것도 아닙니다. 다만 계속 두는 것보다 노출 기간이 짧아지는 것은 분명합니다. 인원과 기간, 보수 수준에 따라 영향이 달라지므로 숫자를 놓고 보시는 편이 좋습니다. 분당 스타트업 세무사를 찾고 계신다면 인력 명단과 지급 내역만 보여 주셔도 대략의 규모는 잡아 드릴 수 있습니다.
Q. 창업 멤버에게 지분만 주고 급여를 안 줬는데 신고할 게 있나요
A. 급여를 지급하지 않았다면 원천세 신고 대상은 아니지만, 실제로는 일부를 생활비 명목으로 가져가시는 경우가 많습니다. 법인 통장에서 이름 없이 나간 돈은 가지급금이 됩니다. 아예 적게라도 급여로 신고해 두시는 편이 정리가 쉽습니다.
Q. 해외에 있는 개발자에게 외주를 맡겼는데 원천징수를 해야 하나요
A. 거주자 여부와 용역의 성격, 조세조약 적용 여부에 따라 달라져서 일률적으로 말씀드리기 어렵습니다. 계약서와 실제 수행 장소, 상대방의 거주지 증명을 보고 판단합니다. 금액이 반복적으로 나가는 구조라면 처음에 한 번 정리해 두시는 것이 안전합니다.
Q. 정부지원과제 사업비로 산 장비도 회사 자산인가요
A. 협약 조건에 따라 다릅니다. 소유권과 처분 제한이 협약서에 정해져 있는 경우가 많아, 회계 처리도 그 내용을 따라갑니다. 과제 종료 후 처리까지 협약서에 적혀 있으니 장비를 사기 전에 한 번 확인하시는 편이 좋습니다.
Q. 기장을 맡기면 투자 실사 자료도 도와주시나요
A. 세무 쪽 자료는 저희가 정리해 드립니다. 인력 구분 현황, 4대보험 가입 내역, 원천세와 지급명세서 제출 이력, 가지급금 잔액처럼 실사에서 자주 요청하는 항목들입니다. 다만 평소에 매달 닫아 둔 회사와 아닌 회사의 준비 기간 차이가 꽤 큽니다.

스타트업 인건비 자가진단 일곱 문항

전 인원을 정직원 · 프리랜서 · 외주 세 칸에 넣어 봤다
3.3%로 처리 중인 인원이 다른 회사 일을 병행할 수 있다
입사한 달에 4대보험 취득 신고가 들어갔다
사업소득 간이지급명세서를 매월 말일 제출하고 있다
급여 지급과 원천세 신고가 같은 달에 맞물려 있다
법인 통장에서 대표 개인 계좌로 나간 돈에 전부 이름이 붙어 있다
외주 개발 건마다 계약서와 세금계산서가 짝을 이루고 있다

두 번째 문항에 "아니오"가 나왔다면 그 인원은 다시 보셔야 합니다. 분당 스타트업 세무사를 알아보고 계신다면 인력 명단과 최근 석 달 지급 내역만 보여 주셔도 어디가 위험한지 짚어 드릴 수 있습니다.

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※ 본 칼럼은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 본문의 사례와 금액은 이해를 돕기 위한 각색 예시이고, 실적 수치는 자체 실적 기준입니다. 세법의 요율·기준금액·한도는 수시로 바뀌므로 반드시 신고 시점 기준으로 확인하셔야 합니다. 절세는 실제로 쓰신 지출 중 놓친 것을 챙기시라는 뜻이지 없는 지출을 만들라는 뜻이 아닙니다. 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. · 세무 광고

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